Se l'Università del Sannio guadagna il diciannovesimo posto nella graduatoria complessiva e il primo per ingegneria, la Federico II di Napoli perde colpi. Secondo la Valutazione della Qualità della Ricerca (VQR) 2004-2010 l'Università di Napoli si piazza al ventottesimo posto, finendo la di sotto della media nazionale. Pare che a penalizzare la più antica università laica e statale del mondo, siano soprattutto professori inattivi. 13 le facoltà dell'Ateneo federiciano, 144 i corsi di laurea, 3 i poli che lo compongono.